h1要素がh2要素の下にあっても問題ないか、との質問にGoogle Matt Cutts氏は「問題ない」との回答をした。Google Webmaster Central Channelより。
"I'm using a template website (I'm an amateur!). The h1 tag appears below the h2 tag in the code. Does the spider still know what's going on ? - Nik, London
ウェブの40%に何らかの構文エラーがあるとの統計もあり、Googleはそうした文法間違いを織り込んだ上でクローラでウェブを収集している。したがって、h1タグ(要素)がh2タグ(要素)の下にあっても問題にはならない。
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検索エンジンは、ウェブ上の情報を整理して検索クエリと関連するページを探し出したいわけであり、文法的に正しいページを探したいわけではありません。また、ウェブの特性をとらえてランク付けを行うので、当然ながら「皆が正しいHTMLを書くわけではない」ことは織り込んで検索技術を開発しているのです。
もっとも、SEOに関係なく、HTMLは正しく記述した方がいいのは当然。