インターネット検索エンジンのランキングアルゴリズムは、原則として『現実にあわせて理論が形成されます』※。従いまして、『情報の関連性のない、無関係なページからリンクを受けることは様々な理由により起こりうる』という前提にたってアルゴリズムは設計されていますので、そういった（無関係な外部からの）リンクを否認する必要性は一切、ありません。明らかに異常な数（数千本単位以上）のリンクが張られた時は、念のためリスク回避のためにリンク否認を行ってもよいかもしれませんが、一般的な企業においてそういった状況に陥ることは一般的に頻度は高くないと思います。
※ 唯一の例外は、Google のスマートフォン用サイトの取り扱い方針。この方針は「（Googleの）理論を現実に押しつけている」と言って良いでしょう。だから、コロコロ方針変えたり合理的とは言えない発言してウェブマスターを振り回していますよね。
Just to be completely clear on this: you do not need to disavow links that are from sites on other topics. This tool is really only meant for situations where there are problematic, unnatural, PageRank-passing links that you can't have removed. Cheers John [john Muller, Google, Should I use disavow tool for irrelevant links?]
例えば、私は時折、敬意を込めて代表取締役SEO・辻正浩氏（職業：神様）といった具合に、意図がよくわからないアンカーテキストでリンクを張ることがありますが、辻氏は www.sem-r.com からのリンクを否認する必要はありません。しかし、もしも私が数百万単位でこうしたリンクを一気に貼り付けた場合は、彼はリンク否認を行った方がよいかもしれません。
これが大まかな判断基準です。つまり、長らくサイトを運営していれば、（インターネットの世界にはおかしな人もたくさんいますから）よくわからない文脈で、様々なサイトから（リンクを受けるサイト運営者の視点で見て）無関係なリンクというのは張られているものです。そういったことにいちいち神経をとがらせる必要はありません。しかし、特定のサイトが、意図も不明で、不自然な数のリンクを貼り付けてきたら、念のためドメインごと否認しようかなということを検討してもいいでしょう。
余談ですが、本サイト（www.sem-r.com）は、韓国や中国のスパムサイトから大量にリンクを張られていることを確認していますが、私は特にリンクの否認など行っていません。あからさまなスパムサイトなので、Google はアルゴリズムで自動的にそのリンクを無視する確率が高いと判断しているからです。基本的に、Google は自分たちの検索品質を維持したいのであれば彼ら自身が処理するべきである、というのが私のスタンスです。リンクの否認作業に時間を費やすことは本来は時間の無駄ですよね。
